Im Kanton Obwalden werden für die grösseren Seen und die Fliessgewässer kantonale Patente vergeben, während die meisten Bergseen verpachtet sind. Für den Lungernsee, Melchsee, Tannensee, Blausee, Seefeldsee, Eisee und Eugenisee gibt es jeweils eigene Fischereipatente.
Im Gerzensee, im Blindseeli und im Ausgleichsbecken Obermatt besteht ein Fischereiverbot. Am Sarnersee und am Alpnachersee gilt ein eingeschränktes Freiangelrecht.